پس از پيروزي انقلاب و روي كارآمدن نظام جمهوري اسلامي ايران، برخي از نيروها نتوانستند با شرايط جديد كنار بيايند. در تفكر آنان اوضاع فعلي با حقيقت انقلاب و تلقيات ذهني‌شان از مفهوم حكومت و تشكيل دولت متفاوت بود. از اين روي به اين فكر افتادند كه شرايط را به نفع خود تغيير دهند. اما با عنايت به اينكه نتوانستند به شيوه‌هاي معمول حزبي و تشكيلاتي حرف خود را به كرسي بنشانند از حربه ترور به عنوان ابزاري براي تغيير شرايط استفاده كردند.

تشكيلات فرقان از جمله اين گروه‌ها بودند كه در مدت فعاليت كوتاه مدت خود ضايعات جبران‌ناپذيري را به پيكره نظام جمهوري اسلامي وارد كردند.
اين گروه شامل چه كساني بودند؟ از كجا تغديه فكري مي‌شدند و در ذهن خود براي آينده سياسي كشور چه افكاري را در سر مي‌پروراندند؟

بي‌شك پرداختن به شخصيت اصلي و فكري اكبر گودرزي به عنوان رهبر اين گروه تا حدودي خوانندگان اين گزارش را با بخشي از زواياي پنهان تشكيلات فرقان آشنا خواهد كرد.
اكبر گودرزي با نام مستعار «عباس» در ده كوچكي به نام دوزان (بين خمين و اليگودرز) به دنيا آمده بود.
وي بين سال‌هاي 51 و 52 از اليگودرز به خوانسار رفت و بعد از مدتي به قم رفت و ضمن اينكه در دبيرستان درس مي‌خواند در مدرسه علميه آيت‌الله نجفي نيز به صورت نيمه وقت مي‌رفت و بعد از مدتي در مسجد چهلستون و در مدرسه شيخ عبدالحسين درس خواند ( پرونده گروه فرقان، آرشيو مركز اسناد انقلاب اسلامي، كد17601).

گودرزي مي‌خواست طلبه مدرسه مجتهدي شود.در اين زمينه آقاي مجتهدي خاطره‌اي جالب دارد. وي در اين خصوص گفت: وقتي كه گودرزي آمد كه طلبه بشود چون خيلي چهره زشتي داشت و ديدم نورانيت ندارد گفتم تو به درد طلبگي نمي‌خوري. مجتهدي معتقد بود طلبه بايد چهره‌اي جذاب داشته باشد (خاطرات حجت الاسلام و المسلمين ناطق نوري ، تدوين مرتضي ميردار، مركز اسناد انقلاب اسلامي، تابستان 82 ص183).

درس تفسير قرآن او از سال 50 شروع شد و از پاييز 55 با عده‌اي از دوستانش بطور جدي‌تر و منسجم‌تر به بررسي و تدوين دو كتاب «ايدئولوژي توحيد و ابعاد گوناگون آن» و «اصول تفكر قرآني» پرداخت (كد17601).
وي جلسات تفسير قرآن خود را در مسجد «الهادي» خيابان شوش، مسجد «فاطميه» خزانه، مسجد «رضوان» خيابان اتابك، مسجد «شيخ هادي »خيابان حنيف‌نژاد و مسجد «خمسه» قلهك برگزار مي‌كرد.

با توجه به جواني او و شيوه‌ و ادبيات خاصي كه او در بيان تفسير از آن استفاده مي‌كرد، زمينه جذب برخي از نيروهاي جوان به سمت او فراهم آمد و از اين پس او به صورت جدي‌تر به طرح موضوعات و برداشت‌هاي خاص خود از آيات و سور قرآني پرداخت.
او علاوه بر جلسه تفسير قرآْن اقدام به برگزاري جلساتي به صورت خصوصي در منزل افراد كرد. اين جلسات عبارت بودند از جلسات خصوصي در منزل عباس عسگري با محمد متحدي و شاه بابا بيگ، در خيابان جواديه با سيد مهدي و حسن اقرلو، در خيابان گرگان با عباس عسگري و محمد متحدي و حسن اقرلو، در خيابان فرصت نيز با حميد و رضا و سعيد و علي و محسن سياهپوش و بهرام.
وي در خيابانهاي اوستا و آزادي و باغ كرج و شورا نيز جلسات خصوصي داشت (آرشيو مركز اسناد انقلاب اسلامي، پرونده اكبر گودرزي، كد 18383).

عمده فعالتي‌هاي تفسيري گودرزي در مسجد خمسه قلهك صورت ‌مي‌گرفت. معلمي به نام علي حاتمي كه در بخش كتابخانه مسجد مشغول به كار بود، عده‌اي از جوانان را كنار خود گرد آورده بود و براي آنان از مباحث اخلاقي و برداشت قرآني مي‌گفت. شيوه رفتاري و خصوصيات فردي او باعث جذب جواناني مي‌شد كه به اين مركز راه پيدا مي‌كردند. مدتي نگذشت كه به دعوت حاتمي، گودرزي براي برگزاري جلسات تفسير قرآن به مسجد اعظم قلهك آمد. ورود اين طلبه جوان و حرف‌هاي تازه‌اي كه از برداشتهاي قرآني داشت براي جوانان جذابيت داشت. (آرشيو مركز اسناد انقلاب اسلامي پرونده محمود كشاني، شماره بازيابي 1156)

گودرزي در سال 55 به مدت يكسال تحت نظر ساواك قرار گرفت و از اين پس زندگي مخفي خود را شروع كرد. در 28 فروردين 57 به قصد سفر لبنان مخفيانه عازم پاكستان شد و اما بعدها متوجه شد كه اين سفر توطئه‌اي براي نابود كردن او بوده است به همين خاطر در 26 خرداد 57 به ايران بازگشت.
گودرزي بعد از مدتي مطالب تفسيري خود را به صورت جزوه منتشر كرد و از اين پس بود كه گروه فرقان تشكيل شد.
هدف از تأسيس فرقان در ابتدا اصول تفكر قرآني مطرح شده است. به عبارت ديگر كساني كه در جلسات تفسير قرآن گودرزي شركت مي‌كردند و به برداشتهايي از آيات و سور قرآني اعتقاد داشتند گروه فرقان را تشكيل دادند. از اين پس قرار شد مطالب ارائه شده توسط گودرزي بصورت يك نشريه منظم و مداوم نوشته و پخش شود.

شرحي بر صحيفه سجاديه، توحيد و ابعاد گوناگون آن ، تفسير سوره كهف، مريم ، طه، احزاب، سبا، عنكبوت، روم، فاطر، يس، صافات، حشر و سوره هاي كوچك آخر قرآن با عنوان پيام قرآن، سوره توبه ، فرازي از نهج‌البلاغه، بينه و ترجمه كامل قرآن آثاري بودند كه در مدتي كوتاه منتشر شدند.

با اين حال كتاب‌ها بيانگر ايدئولوژي فرقان، عبارت بودند از: توحيد و ابعاد گوناگون آن، اصول تفكر قرآني، فروع نهج‌البلاغه، قسمتهايي از صحيفه و تفسير سوره توبه.
بعد از انتشار مجموعه‌هاي گروه فرقان كه عمدتا در مناطق پرجمعيت كشور مثل بازار و مراكز دانشگاهي پخش مي‌شد ذهن برخي از نيروهاي فكري از جمله شهيد مطهري نسبت به افكار و عقايد اين گروه جلب شد. مرحوم مطهري آثار و نوشته‌هاي آنها را مطالعه مي‌كرد و در كتابهايش به شبهات آنان پاسخ مي‌داد. حتي برخي از افراد به وي توصيه مي‌كردند كه در شان او نيست كه به اين نوع آثار قلمي كوچك بها بدهد و براي پاسخ‌گويي به آن وقت بگذارد اما شهيد مطهري مي‌گفت: آدم‌ها مهم نيستند حرف‌هايشان و تاثيري كه روي جوانان مي‌گذارد مهم است. كسي چه مي‌داند كه نويسنده اين تفسير يك بچه است. اين نوشته‌ها در ذهن جوانان شبهه ايجاد مي‌كند و من بايد جواب اينها را بدهم (خاطرات ناطق نوري، ص 183).

علاوه بر طرح مباحث قرآني در نشريات فرقان به مسائل سياسي هم پرداخته مي‌شد و بخصوص از شماره 7 به بعد به صورت مستقيم عليه نظام جمهوري اسلامي و از شماره 10 به بعد نيز رهبري انقلاب مورد نقد و تعرض قرار گرفت. كمي بعدتر مقوله تروريسم نيز به عنوان يكي از مسائل مورد توجه گروه فرقان مورد بحث قرار گرفت.
به اعتقاد اعضاي گروه فرقان حكومت جمهوري اسلامي تلاشي براي برقراري حاكميت آخونديسم بود و از سوي ديگر با توجه به روي كار آمدن دولت موقت و مواجهه ملايم آنان با آمريكا و ملاقات مهندس بازرگان با برژينسكي در حواشي برگزاري جشنهاي سالگرد الجزاير نشانه‌اي از ادامه روند همكاري با امپرياليسم و تداوم شيوه حكومتي رژيم سابق بود. هشت نفر از اعضاي گروه فرقان بعد از دستگيري در گفت‌وگو با روزنامه كيهان به اين موضوع اشاره كردند.

محمد حسين بيد هندي، علي حاتمي، امرالله الهي، محمد مهري، حسن عزيزي، محمود متحدي، محمود كشاني و حميد احمديان اعضاي گروه فرقان به تحليل دلايل خود براي پيوستن به اين گروه پرداختند. از نظر آنان تضاد با امپرياليسم و روابط سازشكارانه دولت موقت با آمريكا و ملاقات مهدي بازرگان با عوامل امپرياليسم در الجزاير از جمله اين دلايل بود (روزنامه كيهان 1359).
گروه فرقان در نوشته‌هاي خود عمدتا از آثار دكتر علي شريعتي استفاده مي‌كرد و از گفته‌هاي او بخصوص در بحث تز اسلام منهاي روحانيت در توجيه اعمال و رفتار خود بهره مي‌گرفت. به زعم فرقاني‌ها منش و روش سياسي نظام جمهوري اسلامي با حركت تشيع سرخ علوي در تضاد بود.
گروه فرقان از سال 57 تشكيل شد اما كار تشكيلاتي خود را از سال 55 شروع كرد.

سرعت در نماز خواندن و تاكيد بر بي‌توجهي به آداب ظاهري نماز، خوابيدن روي فرش بدون استفاده از بالش و زيرانداز و روي انداز، كم و ساده غذا خوردن، به عنوان يك اصل در اين گروه مد نظر قرار مي‌گرفت و وقتي يكي از اعضا به فراگيري آموزش‌هاي اعتقادي و تشكيلاتي بي‌توجهي مي‌كرد، با ريختن آب سرد روي بدن، مورد تنبيه واقع مي‌شد (آرشيو مركز اسناد انقلاب اسلامي، پرونده محسن شريعت ، كد 20416).

از گودرزي به عنوان رهبر گروه فرقان ياد مي‌شود اما وي در بازجويي هاي خود منكر قضيه بود و ادعا مي‌كرد كه بحث رهبري در گروه فرقان مطرح نبوده بلكه وي صرفا مباحث ايدئولوژيكي را طرح مي‌كرد و محمد متحدي به عنوان طراح مسائل نظامي و عباس عسگري به عنوان مسئول شاخه تبليغي و فرهنگي به فعاليت مي‌پرداختند. بعدها حسن اقرلو به اين جمع پيوست و به عنوان ضلع چهارم اين گروه مشغول كار شد (آرشيو مركز اسناد انقلاب اسلامي، پرونده اكبر گودرزي، كد 18383).
با اين همه در صفحات مختلف پرونده گودرزي آمده است كه وقتي بحث ترور افراد مطرح مي‌شد با او صحبت مي‌كردند و بيانيه‌هاي ترور توسط او نوشته مي‌شد (همان آرشيو، همان پرونده).

ديگر شخصيتهاي مطرح گروه فرقان عبارت بودند از:
سعيد مرات: دانشجوي دانشكده اروميه كه درس را رها كرد. وي از عناصر فعال گروه بود كه در تهران و آذربايجان در جهت تحقق اهداف گروه فرقان تلاش كرد.
وي زمينه ملاقات اكبر گودرزي رهبر گروه فرقان را با حسني در اروميه در قبل از انقلاب فراهم كرد. طبق گفته مرات، حسني كسي است كه مي‌تواند سلاح تهيه كند. از اين روي در ملاقات اولي كه بين گودرزي و حسني صورت گرفت بحث تهيه سلاح مطرح شد كه حسني از خطرات كار گفت و بنا شد كه در جلسه بعدي مفصل راجع به اين موضوع صحبت كنند كه البته بعد از اين ملاقات ديگري صورت نگرفت.

عليرضا شاه بابابيك تبريزي دانشجوي رشته مكانيك دانشگاه صنعتي تهران بود و در بهار 57 براي تهيه وسايل از قبيل كلت و ارزيابي چگونگي ارتباط با جنبشهاي آزاديبخش حدود يك ماه به خارج سفر كرد و از جمله تخصص هاي وي در زمينه شيمي و مواد انفجاري بود.
نشريه آخونديسم چگونه به قدرت مي‌رسد در نتيجه تلاشهاي او تهيه شد.

علي حاتمي معلم بود در سال 50در جلسات مذهبي در كتابخانه مسجد خمسه سعي در جذب جوانان مي‌كرد و بعد از ترور قرني دستگير و بعد آزاد شد و بعد از ترور شهيد مطهري دوباره زنداني و بعد از يك سال اعدام شد (كد17601).
گروه فرقان علاوه بر تهران در آذربايجان و تبريز نيز فعاليت‌هايي داشت. محمد متحدي از جمله عناصر بود كه در منطقه تبريز تلاشهايي را صورت داده بود وي كه رهبر شاخه نظامي فرقان بود در بسياري از ترورهاي انجام گرفته توسط گروه فرقان به عنوان طراح اصلي نقش داشت. از جمله در ترور شهيد قاضي طباطبايي. از نكات جالب در مورد محمد متحدي اينكه وي در پرونده بازجويي خود جز دو سه خط مطلبي ديگري را به عنوان اعتراف مطرح نكرده است (آرشيو مركز اسناد انقلاب اسلامي، پرونده محمد متحدي، كد5169).

گروه فرقان عليرغم تلاش در جهت تنظيم يك زندگي زاهدانه در رفتار فردي براي بدست آوردن پول و امكانات مادي اقدام به سرقت از بانكها مي‌كرد. (پرونده محمود كشاني كد18732)
گروه فرقان از ارديبهشت ماه 1358 اقدامات تروريستي خود را شروع كرد. فهرست برنامه ترور اين گروه كه در بيشتر موارد موافق به انجام آن شدند عبارتند از:
ـ محمد قرني در سوم ارديبهشت 58
ـ مرتضي مطهري در 12 ارديبهشت 58
ـ هاشمي رفسنجاني در خرداد 58
ـ حاجي طرخاني در تيرماه 58
ـ رضي شيرازي در تيرماه 58
ـ مهدي و حسام عراقي در شهريور 58
ـ مهديان در شهريور 58
ـ هانس يواخيم لايب در مهرماه 58
ـ محمد مفتح در آذر 58
ـ اصغر همتي، جواد بهمني، قاضي طباطبايي، محمد باقر دشتيانه، بهبهاني ، احمد لاجوردي

افرادي كه براي ترور شناسايي شده بودند: محمد بهشتي، محمد جواد باهنر، حقي، امامي كاشاني، ناطق نوري، موسوي اردبيلي، تيمسار فلاحي، بني‌صدر و خوانساري (پرونده اكبر گودرزي، كد 18383).
فرقاني‌ها در مورد ترور سپهبد قرني موارد زير را در توجيه اقدام خود مطرح كردند:
ـ سرسپردگي به امپرياليزم آمريكا و كوشش در جهت انجام كودتاي آمريكايي
ـ همكاري با رژيم طاغوتي قبلي
ـ همكاري با رژيم ضد توحيدي فعلي و سرسپردگي به ديكتاتوري آخونديسم
ـ مفسد في الارض
ـ اقدام براي سركوبي مردم كردستان در جهت قلب حقايق و واقعيات و متهم كردن مردم به اينكه مامور اجنبي هستند.
ـ كوشش براي خلع سلاح مردم مبارز و محروم ايران و بازسازي ارتش(آرشيو مركز اسناد انقلاب اسلامي كد 17601 )
اقدام بعدي گروه فرقان ترور آيت‌الله محمد علي قاضي طباطبايي بود.در تبريز همزمان با برگزاري نماز عيد قربان از سوي گروه فرقان اعلاميه‌‌اي در محل صادر شد. بعد از گذشت چند روز سه نفر از عوامل ترور از جمله محمد متحدي طراح نقشه ترور و مسعود تقي‌زاده كه ضارب بود به همراه شخصي ديگر به نام مشهدي مصطفي موفق به اجراي برنامه ترور خود شدند. (زندگي و مبارزات شهيد آيت‌الله قاضي طباطبايي ، رحيم نيكبخت و صمد اسماعيل‌زاده، مركز اسناد انقلاب اسلامي ، چاپ اول،1380 ص، 369 و 370)

نشريه فرقان در تاريخ 13/9/58 دلايل ترور شهيد محمد علي قاضي طباطبايي را چنين برشمرد:
ـ همكاري فعالانه با رژيم طاغوتي قبلي و رژيم ضد توحيدي و ضد مردمي فعلي
ـ سرسپردگي به ديكتاتوري آخونديسم و طراحي و اجراي سياست‌هاي استعماريش در حوزه ماموريت خويش
ـ كميته بازي براي تحكيم پايه‌هاي رژيم پليسي و فاشيستي و تداوم بخشيدن به جنايت‌هاي ساواك
ـ مفسد في الارض
ـ همدستي با فرماندهان خائن محلي و ارتش مزدور و تلاش براي بازسازي آن

ساخت و ساز با سرمايه‌داران و فئودالهاي منطقه و تلاش در موجه جلوه دادن آنها از طريق تكفير روشنفكران متعهد و انقلابگران توحيدي (آرشيو مركز اسناد انقلاب اسلامي كد 17601).
حاج تقي طرخاني يكي ديگر از قربانيان بود كه در ساعت 23 روز 16/3/58 روبروي منزلش واقع در حسينيه ارشاد توسط دو موتور سوار مورد اصابت گلوله قرار گرفت و پس از ترور وي اعلاميه‌هاي مربوط به گروه فرقان در محل پخش شد. حمايت وي از سرمايه‌داري به عنوان يكي از دلايل ترور وي توسط قاتلان مطرح شد (همان آرشيو، همان كد).
دكتر محمد مفتح از ديگر هدف‌هاي ترور گروه فرقان بود.

دكتر مفتح قبل از ترور بارها به صورت تلفني تهديد شده بود. در همين رابطه مسئوليت طرح و برنامه‌ريزي ترور توسط يكي از اعضاي اصلي فرقان به نام عباس عسگري صورت گرفت.
در برگه بازجويي اكبر گودرزي رهبر گروهگ فرقان آمده:
سؤال‌: ترور مرحوم مفتح چگونه اتفاق افتاد آن را بنويسيد؟
جواب: از اين جريان من جز نوشتن اعلاميه اطلاعي ندارم و مسئول اين امر عباس عسگري است كه با افرادي كه خود مي‌شناخته و ارتباط داشته مطرح كرده است.

عامل اجراي جنايت فردي به نام كمال ياسيني بوده است. وي انگيزه خود را از چنين اقدامي اينگونه نوشته است:
پرواضح است كه نقشي كه دكتر در زيربناي اين رژيم داشت و همچنين شركت فعالانه او در برپايي دستگاه سازمان امنيت و سازشكاريهاي او با رژيم شاه (كه در اعلاميه‌اي هم افشا شد) و ديگر... دلايل براي اينگونه برخورد نزد ما محسوب مي‌شد؛ اما در شكل كلي انجام ترورها ناشي از اين ديدگاه بود كه از لحاظ ايدئولوژيك خصوصا و توده‌هاي محروم عموما با اين رژيم هيچ نقطه وحدتي نداشتيم و تضاد ما با او (رژيم) به حالت تعارض رسيده بود مخصوصا با كشتار كردستان (زندگي و مبارزات آيت‌الله شهيد دكتر محمد مفتح، رحيم نيكبخت، مركز اسناد انقلاب اسلامي، سال 1384صفحه 288 تا290).

فرقان بعدها با انتشار اطلاعيه‌اي، مسئوليت ترور مفتح را به عهده گرفت. اين اعلاميه كه در 29/9/58 صادر شد ضمن برشمردن 9 مورد شهيد مفتح را متهم به كميته بازي و حزب بازي و تلاش براي تشكيل ساواك جديدي تحت عنوان «ساواما» كرده بود (كيهان 2/9/58).
در ترور مطهري حسن گودرزي، حسين قاسمي نقش داشتند و اين نقشه با طراحي محمد متحدي صورت گرفت.
در ترور قره‌ني، محسن سياهپوش ، مهدي ملاحسيني و حسين قاسمي دخيلي بودند، طره‌خاني را علي اسدي، حسين قاسمي و محمد متحدي ترور كردند، علي اسدي، رضا يوسفي و محمد متحدي هم عراقي و مهديان را به قتل رساندند (پرونده اكبر گودرزي 18383).

با افزايش ترورها و بالا گرفتن موج نارضايتي مردم و احساس ناامني كه از اين بابت بوجود آمد تلاشهاي زيادي براي دستگيري عوامل قتلها صورت گرفت.
محسن الويري در اين زمينه مي‌گويد:
به تدريج موج ترور شخصيت‌ها افزايش يافت و اين قضيه براي من جدي شد از سويي در كميته مركزي بودم از سوي ديگر تشكيلات منسجمي داشتيم تحت عنوان مجاهدين انقلاب اسلامي.

بنابراين تصميم گرفتيم با اين تروريست‌ها مقابله كنيم. در آن زمان آقاي هاشمي رفسنجاني وزير كشور بود. من به نزد ايشان رفتم و در باره تشكيلاتمان با ايشان صحبت كردم و خواستم به ما فقط 5 دستگاه اتومبيل پيكان و 5 دستگاه بي‌سيم بدهند تا بدين ترتيب با گروه فرقان و تروريستهاي ديگر مقابله كنيم و با اتومبيل به تعقيبشان بپردازيم.
آقاي هاشمي رفسنجاني موافقت كرد و دستور داد كه آنچه خواسته‌ايم به ما بدهند بدين ترتيب ما اسلحه داشتيم و بي‌سيم هم گرفتيم و آماده بوديم تا با گروه فرقان مقابله كنيم.

دوستي داشتم كه در دوران سربازي با يكي از فرقاني‌ها در يك پادگان بود. او به نزد ما آمد و گفت كه يكي از فرقانيهاي را مي‌شناسد و اينكه دوران سربازي را باهم گذرانده‌اند و مي‌تواند در حال حاضر به آن شخص نزديك شود و رابطه برقرار كند. ما پذيرفتيم و به دوستم گفتم كه با آن شخص تماس بگيرد و خود را هواخواه او معرفي كند و بگويد كه مي‌تواند خانه و امكانات برايشان مهيا كند. دوستم اين كار را كرد و آنها كه فعاليت زير زميني داشتند و نيازمند جا و مكان بودند از گفته دوستم استقبال كردند.

ما خانه‌اي را در اطراف مدرسه رفاه در نظر گرفتيم و يك طبقه آن ساختمان دو طبقه را براي گروه فرقان تعيين و طبقه ديگر را گذاشتيم تا ماموران ما در آنجا شنود كنند.
براي اينكه شنود كنيم يك خط تلفن هم برايش كشيديم و يك ميكروفن هم در سقف گذاشتيم كه به ضبط صوت مامور ما منتهي مي‌شد و او مي‌توانست مكالمات غير تلفني را ضبط كند. كارمان كه تمام شد گروه فرقان در آنجا مستقر شدند.

مدتي گذشت و ما توانستيم از طريق مكالمات آنها اطلاعات خوبي كسب كنيم حتي رفت و آمدها را نيز با تعقيب كردن پيگيري مي‌كرديم و چند كادر قوي مسئول تعقيب آن بودند.
اطلاعات ما از شبكه تروريستي فرقان هر روز كاملتر مي‌شد و عاقبت زماني فرا رسيد كه كل شبكه شناسايي گرديد و با كمك نيروهاي كميته انقلاب اسلامي در يك زمان به تمام خانه‌هاي تيمي آنها حمله شد و همه شان يا دستگير شدند و يا در درگيري از بين رفتند. بدين ترتيب شبكه تروريستي گروه فرقان كاملا متلاشي شد (خاطرات مرتضي الويري، دفتر ادبيات انقلاب اسلامي، حوزه هنري سازمان تبليغات اسلامي، چاب اول 1357 صفحه 86 تا 88).

با بررسي پرونده‌ها مشخص مي‌شود كه فرد رابط با محسن الويري، محسن شريعت بوده است (پرونده محسن شريعت، كد 20416)، مسئوليت عمليات پيگيري و اقدام عليه گروه فرقان نيز با احمديان از گروه منصورون بود. وي از سوي سازمان مجاهدين انقلاب به اين كار اقدام كرد. (همان آرشيو، همان پرونده)
از سوي ديگر دادستاني نيز اين موضوع را پيگيري مي‌كرد. ناطق نوري در اين مورد عنوان كرد كه بعد از اينكه خبري مبني بر تهيه مهري با عنوان فرقان در خيابان شاهپور (مجاهدين اسلام) به او رسيد وي نقاشان و هنردوستان را براي پيگيري موضوع فرستاد كه در اين ماجرا دو نفر دستگير شدند و بعد از كشف محل اصلي سكونت اكبر گودرزي كشف شد و گروهي از كلاه سبزهاي ارتش نيز براي دستگيري گروه فرقان اقدام كردند. خاطرات حجت الاسلام‌والمسلمين ناطق نوري، ص187)

دستگيري اكبر گودرزي رهبر گروه و 35 نفر از اعضاي گروه در منزلي واقع در خيابان جمالزاده( خانه شماره 23 كوچه اخوان) در روز اربعين صورت گرفت.
سخنگوي سپاه پاسداران در اين زمينه گفت: پس از ترور شهيد مفتح در شب بيستم دي ماه كه موفق به دستگيري و متلاشي كردن گروه شديم، سه برنامه ترور در برنامه‌هاي اعضاي گروه فرقان قرار گرفته بود.
در پي پاسداران اسنادي حاكي از در دستور كار بودن ترور يكي از شخصيتهاي مذهبي به دست آمد.

سخنگوي سپاه گروه فرقان را يكي از بي‌تشكيلات‌ترين گروه‌هاي مسلح مخفي ناميد و دليل موفقيت گروه را در انجام ترورها، بي‌توجهي شخصيت‌هاي مذهبي و ملي به مسايل امنيتي و حفاظتي دانست.
به اعتقاد وي قتل 80 تن از شخصيت‌ها در برنامه‌هاي آينده گروه فرقان قرار داشت.(17601)
در 19 دي ماه 8 پس از 8 ساعت درگيري گودرزي همراه 35 نفر دستگير شد و در 3 بهمن همان سال نيز اعضاي شاخه نظامي آن گروه دستگير شدند.( شماره بازيابي 1160، ص 128)

مهمترين محل اختفاي در محل كلاك كرج بود كه پاسداران موفق به كشف آن شدند.
مهمترين مخفيگاه آنها در كلاك كرج در تاريخ 6/8/58 كشف و وسايل زير به دست آمد:
ـ يك آزمايشگاه مجهز شيمي و مقدار زيادي مواد منفجره
ـ يك تن گوگرد و مقدار زيادي تجهيزات جنگي، نارنجك، ادوات و آلاتي كه براي ساختن فشنگ و چاشني‌هاي انفجاري بكار مي‌‌رفت و همچنين تعدادي بمب ساعت شمار
ـ دوازده قبضه مسلسل كلاشينكف و يوزي
ـ تعدادي باطري انفجاري و گاز اشك آور
ـ سه دستگاه بي‌سيم
ـ شش كارتن چاپ شده از اعلاميه‌هاي گروه فرقان
ـ مبلغ چهار ميليون و پانصدهزار ريال وجه نقد و تعدادي چك و شناسنامه جعلي (شماره بازيابي 1160)

بعد از متلاشي كردن گروه فرقان از سوي شهيد بهشتي معاديخواه و ناطق نوري و محي‌الدين ‌انواري براي رسيدگي به پرونده فرقان انتخاب شدند كه بعدها انواري از كار كناره گيري كرد.
لاجوري و ذوالقدر كار بازجويي را به عهده گرفتند.
بعد از دستگيري گروه فرقان نيروهاي درگير در اين موضوع تشويق شدند و قطعه زميني در ملاصدرا و شيخ بهايي به آنها داده شد (خاطرات ناطق نوري 188 تا189).

در 3 خرداد 59 اكبر گودرزي، علي حاتمي، عباس عسگري، حسن اقرلو، سعيد مرات و عليرضا شاه بابا بيك تبريزي اعدام شدند.
موارد اتهامي اكبر گودرزي در دادگاه توسط دادستان چنين مطرح شد:
ـ مسخ انديشه توحيدي با اتكا به دروغ و تزوير
ـ تاسيس و بنيانگذاري و رهبري گروه فرقان با مشي مسلحانه عليه نظام جمهوري اسلامي
ـ ايجاد رعب و وحشت در جامعه و زمينه سازي براي برقراري يك ديكتاتوري يعني خط آمريكا
- ترور شخصيتهاي قابل قبول مردم و نيز ترور كساني كه بايد توسط دادگاه‌هاي عدل اسلامي مجازات ‌مي‌شدند (آرشيو مركز اسناد انقلاب اسلامي، پرونده اكبر گودرزي، كد 18383).

روابط عمومي دادستاني كل انقلاب نيز در بيانيه‌اي اعلام كرد: امرالله الهي، حسن نوري، محمد نوري، كمال ياسيني، محمد كاشاني، غلامرضا يوسفي و سعيد واحد به جرم قتل محمد مفتح، مهدي عراقي،حسام عراقي، جواد بهمني، اصغر بهمني و سوءقصد به جان هاشمي رفسنجاني و سرقت مسلحانه از بانكهاي جمهوري اسلامي در دادگاه انقلاب اسلامي مركز به اعدام محكوم شدند و در ساعت يك بامداد 13/12/58 حكم اجرا شد (آرشيو مركز اسناد، كد17601).

محمد متحدي و مسعود تقي‌زاده نيز به جرم قتل شهيد قاضي طباطبايي به اعدام محكوم شدند كه در تاريخ 8/11/1360 در محل برگزاري نماز جمعه تبريز به اجرا درآمد.(367 تا 371)
البته برخي از اعضاي گروه فرقان كه نقش كمتري در اين گروه داشتند مشمول عفو شدند و در دوران دفاع مقدس به جبهه ها رفتند و بعضي از آنها به شهادت رسيدند